“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。三十岁左右,漂亮大方,精明能干的齐之芳失去了丈夫,一个人带着三个年幼的孩子,肚子里还有一个遗腹子,怀着极大的委屈伤心,忍受着被众人怜悯的屈辱,她倔强地维持着尊严和体面,坚强地活着。她不允许孩子们向外人伸手,教育他们宁可饿着也不求援。总是有男人欣赏这样独立自主,美丽孤傲的女人,肖虎、戴世亮、李茂才,他们以各自的方式对她表达着爱意。齐之芳爱上戴世亮,感激李茂才,最后倾心于肖虎,然而因为种种原因,她总是与他们擦肩而过。家庭、爱情、尊严,直至暮年的齐之芳最终得到了属于自己的那份幸福。。