某医学博士在派对上被一名透明人杀死,探员特纳(彼得·费辛利 Peter Facinelli 饰)与丽萨在勘察现场时却被告知此案由国防部接手,而他二人的任务是保护女生物学家道尔顿(劳拉•里根 Laura Regan 饰)。另一方面,透明人在杀死医学博士前,得知令自己身体好转的缓冲药剂只有道尔顿才能提供。特纳与丽萨在保护道尔顿的当夜遭透明人袭击,利萨殉职,特纳在突然出现的军方包围中才明白道尔顿和自己都不过只是军方用来诱捕透明人的饵。愤怒的特纳带着道尔顿从军方的控制下逃跑,并要求后者说出透明人与军方千丝万缕联系之背后的真相。同时军方将特纳锁定为追捕对象,一场围绕军方、透明人和特纳三方的阴谋与追踪开始上演。。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。小鹏(李亚鹏 饰)是一名事业有成的都市白领,和女友林茜(李霞 饰)交往多年,两人之间的感情十分稳定。林茜想要结婚,可小鹏的心中却对此充满了疑虑,经不住林茜三番五次的催促,小鹏回到了久违的故乡旭日海滩,去那里寻找很久没有联系的父亲。
小鹏的父亲热爱大海,因而忽略的家庭,这让小鹏和父亲之间的关系十分紧张,这不,刚刚见面没多久,父子两人就爆发了激烈的争吵。在加油站,小鹏偶遇了名为阿童(周迅 饰)的员工,便将气撒在了她的头上,导致阿童丢了工作。之后,小鹏事业受挫,爱情亦不如意,与此同时,他接到了来自故乡的电话,说小鹏的父亲出海之后再未归家,消失在了茫茫大海之中。。