本剧首次站在全球的宏观视角诠释了二战时期的中国,为配合美国的轰炸东京行动,中方派出了具有中日双重身份的顶级战略间谍和初出茅庐的见习女军医,登上了日军严格把守的“海上监狱”三灶岛,40天后,东方的太平洋战场上发生了惊天的大转折。这四十天究竟发生了什么?为何突袭东京的十六架B25轰炸机会在中国的浙西全部坠毁?为什么此次行动成了二战东方战场的转折点?该剧将为广大的电视观众解开这些谜团。。衔接上季。忍者们离开神秘岛,但妮娅的水系元素突然失去了控制,在寻找问题之时,突然收到来自海底的一个能量波,于是闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿,里面生活着许多海怪(莫罗匹恩人),他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着,但是他的儿子卡尔玛却内心邪恶,他决定用两个护身符(风暴护身符和海浪护身符)来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”,来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了实现计划,害死了他的爸爸并嫁祸忍者,后得到两个护身符,唤醒了沃杰拉,水淹忍者城。忍者城居民的处境十分危险。本多玛击碎卡尔玛的权杖,卡尔玛失去对沃杰拉的控制,被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉,不顾自身与海洋融为了一体,最终打败了沃杰拉,妮雅将海水带出忍者城,自己也留在了海水中。。