故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。1949的重庆笼罩在一片阴霾中,收音机传来中央社前线的虚假消息,烦躁的郑云侠正在焚毁档案、照片以及一切可以证明自己身份的东西,为出逃做最后的准备。副官匆匆赶来,带来了国民党兵败如山的战况,这使得郑云侠更加惶恐不安。好在时任重庆卫戍总司令兼重庆市长杨森与郑家是世交,再加上中统少将级大特务的身份,郑云侠已经得到了前往台湾的特别通行证。另一方面,为了彻底捣毁重庆地下特务组织,新生红色政权正在秘密部署抓捕郑云侠的方案,表面上看来如同瓮中捉鳖,但实际上一直从事特务工作的郑云侠却有着自己的打算。 逃跑途中,因司机李正戎的破坏使郑云侠未赶上逃亡的部队,司机的叛变让郑云侠感到共党的无处不在,恐慌中郑选择了去深山内暂时躲藏,一边的共产党通过司机的交代了解了郑的大体去向,并针对性的做了部署。曾受过的特工训练的他养成了凡事预留逃生后路的习惯,早在两年前,他就偷偷为自己办了...。