2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。一次意外触发传送仪器,A时空的林晓希被传到了B时空,高冷博士周予恒为隐藏A时空林晓希的身份,为她出谋划策,A时空的林晓希一改往日软弱作风强势逆袭,正当A时空的林晓希和周予恒两人感情升温时,A时空的林晓希却即将消失在B时空。。武庚抵达神隐部,一边接受战斗训练,一方面逐渐了解神族的各种消息并被众人告知自己是伏羲预言中的命运之子。平稳的生活没有持续太久,神族很快对神隐部发动了攻击,在神隐部大战中,武庚虽然在战斗中觉醒了神力,但仍然不敌十刑,即使和阿岚连手仍然战败。另一边,伏羲被天魁重伤,双眼被心月葵夺去。。