影片背景设置在11世纪的波斯,一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份,加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他的老师名叫阿维森纳,是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种,最著名的有《哲学、科学大全》,在当时是高水平的百科全书;另一部 巨著是《医典》,直到17世纪西方国家还视为医学经典,至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构,展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。。明治维新时期,敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间,名人志士不断涌现:大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来,不惜采取暗杀的手段,而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法,年轻气盛的下山参战,在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领,绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋,同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。
明治政府建立后,绯村收起屠刀,成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中,他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中,他们的友情不断加深,绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……
本片根据同名漫画改编。。