1976年,东北农村一处普通的知青点里,团支书彭天翼被推荐为工农兵学员,即将返回北京上大学。然而,就在这人生转折时刻,航天科学家楚忠良把毕生研究成果偷偷交给他保管。彭天翼为保护珍贵的学术成果,放弃火热的初恋和即将被保送上学的前程。 知青大规模返城,彭天翼却继续扎根农村,他为了推动农业改革,与保守势力辩论,错过了高考;回城务工后,他在经济体制改革中大刀阔斧,因此导致家庭出现裂痕;为坚守强国富民的初心,他放弃了赴美国继承遗产的机会,安心于平淡艰辛的经济学研究。历经无数牺牲和奋斗,以彭天翼为代表的知青们为中国改革事业趟出一条血路……。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。遠洋漁船回來了,使得炎熱潮濕的漁港活絡起來。顧船人的工作要訣是睜一隻眼、閉一隻眼,只要船還在都不是大事。但心軟的莊仔卻將港口賣春的精障女子Neko安置在廢棄船;又將自己捲入菲律賓籍與印尼籍漁工間的爭執風波……。而船老闆要賣掉廢棄船,他們將何去何從?。