少々血の気は多いが、平凡な高校生活を送っていた少年、兜甲児が自宅に帰ってみると、ただ一人の肉親である兜十蔵が何物かに襲われ、殺されていた。 「神になるのも悪魔になるのもおまえ次第だ」との言葉と共に祖父の兜十蔵から受け継いだのは、なんと地上最強の巨大超合金ロボット・マジンガーZだった。 祖父の命を奪ったのは、バードス島の古代超科学で世界制覇を企むDr.ヘルであり、その部下であるアシュラ男爵のあしゅら軍団だった。 打倒マジンガーZを目指して、強力な機械獣を繰出してくる。 兜博士の弟子である弓教授の光子力研究所に身を寄せることになった甲児は、教授の一人娘・弓さやかの操縦するアフロダイAと共に、地球の平和を守るためにDr.ヘルの機械獣軍団と戦い続ける。。舞台は西暦2087年。月に誕生した軍事政権による統一国家・ギガノス帝国が地球連合に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。 そんな中、スペースコロニー「アルカード」の住人である主人公・ケーン・ワカバ、タップ・オセアノ、ライト・ニューマンの3人は、ひょんなことから新開発メタルアーマー・D兵器(ドラグナー)のパイロットとして登録されてしまい、追撃部隊を撃破する。こうして、彼らはギガノス帝国の追撃艦隊と戦いながら地球連合軍本部を目指すことになる。。