明朝后期,内忧外患。朝野之上皇储之争,边陲东南有海盗横行,西北有瓦剌崛起。锦衣卫周淮安虽对政治斗争毫无兴趣,但对东厂也是深恶痛绝,在师傅的劝阻下,他并未与东厂正面对抗。为保忠臣老英王唯一的儿子英观镇,他站到了东厂的对立面;后来,又为给老英王正名,成为打击东厂黑暗势力的第一反抗者;在经历了诸岛历险后,周淮安不仅提升了武功,成为受列岛势力尊敬的三十六岛岛主,也开阔了眼界,变成为国为民的侠之大者。而一路施展毒辣手段最终登上皇位的敬王——敬皇,在大权在握后,终于明白为君之道,为老英王平反,平定叛乱,并大胆打开“海禁”,使东南沿海商贸有序,海上丝绸之路初具规模,又在西北边境开市,让古丝绸之路得到了恢复。而周淮安此时辞官归隐,与金镶玉同行,前往西北去寻找在平乱之后重开龙门客栈的邱莫言。。故事发生在一年战争期间,正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达,在一次偶然的交火中,结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人,因为正属于敌对的两方,所以不得不互相战斗,在战争中苦苦维持自己的感情;另一方面,斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们,也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。。