第二季将描述该剧的核心主题:为什么古人当初要发射命运号?为什么命运号沿着既定的路线前进?这个路线是怎么确定的?根据剧组的描述,其实命运号有特定的目的地,命运号的任务「非常重要」,远比「将船上的人送回家」重要。不过,完成这项「新任务」的条件之一,就是将船上的人「顺道」送回家。。年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲,不惜触犯炼金术中最大的禁忌,进行了人体炼成。可是炼成失败了,哥哥爱德华失去了左腿与右臂,弟弟阿尔冯斯失去了肉体,只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪,找回失去的一切,兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
几年后,一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前,他被称作“钢之炼金术师”。。几个年轻人雇了一部拖车拉了一部大货柜车到一个农场谷仓,准备通宵达旦的娱乐一番,他们想这一定是个有趣的夜晚,这部拖车经过一位农夫,拖车过后,农夫将一老树连根拔起,意外发现一座久被遗忘的坟墓,农夫撬开墓碑及一个木箱,该木箱附上一个碑铭:「这个恶魔将吃你的肉,喝你的血,而你也将变成恶魔」农夫打开木箱后,赫然发现里面躺著一个面目苍白,瘦骨嶙峋的男士,是死的,静默无声,但会动,农夫被拉进木箱,然后被远远地抛开,接著要来复仇的死尸,它爬到农夫旁边开始吃起来,农夫仍抽搐著站起来,饥饿地曳足而行,而且到处有死尸的咆哮声,各式各种的人皆从坟墓爬出来,这个晚上变成一场大屠杀,这几个年轻人受到死尸及其受害者的攻击,其受害者,爬起来并饿的想吃活人,这是一个不可知又奇特的恐怖世界。。