1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。医科大学新生善花(韩智敏)、启范(吴泰景)、忠石(温朱万)、京敏、志英和银珠被分到同一小组上解剖课,在解剖教室,面对来历不明的女尸,众人表现大相径庭,尤以优等生银珠和“万人迷”忠石反应最为突出,前者紧张尖叫转身离开,后者饶有兴致地拿起手机拍下尸体身上的老土纹身。
银珠为战胜自己,深夜只身潜进解剖教室,被杀,当众人把怀疑的目光落在将银珠当情敌的志英身上时,志英不久也死于解剖教室,因为亲见志英的挣扎,京敏疯掉。意识到一切皆被神秘力量操纵后,善花、启范和忠石为自救,开始联手欲揭开噩梦真相。。