テレビアニメや実写映画など様々なメディア展開で人気を集めてきた大和和紀原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ&キャスト陣で映画化した劇場版アニメ2部作の後編。大正時代。女学生の花村紅緒は伊集院忍少尉と出会うが、彼が自分の許婚であることを知って反発する。やがて2人は許婚という関係を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を諦めきれない紅緒の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命貴族サーシャ・ミハイロフが現われる。愛する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける紅緒を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長・青江冬星だった。そんな中、驚くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。。1935年东北沦陷期间,东北敖东城民间爱国志士王大顶追查一批即将流入民间的鸦片膏,入住到和平饭店内。在饭店内遇见了爱国海外归侨医学博士陈佳影。陈佳影在日本学医期间,就已得知日本为加快侵华步伐,正在东北试验细菌武器。为阻止日军的细菌试验,尽快找到生物细菌实验室,陈佳影心怀民族大义发挥自己医学专长积极配合敖东抗日游击分队寻找实验室,无意间进入了和平饭店。而此时的和平饭店已经被日本宪兵彻底包围。王大顶和陈佳影为躲避日伪敌人的调查,萍水相逢的两个年青人只好假扮成夫妻,并在和平饭店与敌人斗智斗勇。最终,王大顶和陈佳影凭借着自身的智慧和勇气,配合敖东抗日游击分队成功的查出了日本人隐藏在饭店内的秘密并一举捣毁了细菌实验室。。