故事发生在第一部的四年之后,此时特警K已经退休,成为一名普通的邮局局长,而J则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”,占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球,全面负责这件事情的K为了地球的安全,拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜,MIB派J去寻找k,调查当年事件的真相,怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在,成了J面临的第一个难题……。赵不凡的父母为赵不凡治病四处求医无果,好赌的二叔赵大伟起了歪心思卖掉了赵不凡,还说是送赵不凡去城里的大医院看病,每月勒索赵不凡父母一笔巨额治疗费,二十年后赵不凡一功成名就归来,在赵大伟的搅合下,对父母的误会越来越深,但幸好最终一切真相大白。。没人知道事件的真正原因,一种难以查觉的毒性放射性物质正悄悄扩散它的污染范围和程度,受污染致死朝向全欧洲蔓延开来,事件的元凶就是夺命的"恶性毒"。西元2007年,美国政府为了防堵污染禁入美国本土,将初到欧洲移民置於波士顿检疫区中隔离检疫,刚入警界不久的狄伦女警,没想到她先生不幸遇难,检疫区越来越动汤不安,在得不到身份下她另寻它图,毒菌怪物开始在区内发狂的杀人,身上的病毒开始发热,六个小时後毒菌将从身躯爆裂而出,沾上的人都将发狂而死,奉命追捕怪物的狄伦也被怪物困住了,雷米警官带著仅存的小组赶赴支援,他们能任务吗?。