古老帝国拉普达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛,传说那里已经无人居住,蕴藏着巨大的财富。因此,无论军方还是海盗,都在找寻着这座传说中的飞行岛。矿工巴鲁这天偶遇拉普达继承人希达,两人一见如故。因为希达身上有找寻拉普达帝国的重要物件飞行石,军方和海盗两帮人马都在追杀希达。巴鲁带着希达一起逃亡,最终都没有逃出军方的手中,希达被军队掳走了。为救朋友,只能选择与海盗合作。巴鲁与海盗成功救出了希达,同时,他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施,他们和海盗一起踏上了寻找拉普达之旅。。2018年,天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况,反抗军精神领袖约翰·康纳带队执行一次任务的过程中获得了战胜天网的新思路,而天网系统适时推出了新的目标排名,康纳位居次席,榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫然在列。与此同时,一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯出现在洛杉矶的废墟中,他与反抗军战士瑞斯偶然结识,并组队前往反抗军总部,不料途中遭机械人袭击,瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战士布莱尔引路,迎来了与康纳命中注定的相遇,但人与机械的对立让康纳不得不视对方为敌人……
瑞斯在天网中心生死未卜,同时反抗军高层不肯推迟强行进攻计划,留给康纳的时间不再充裕,他只能选择进行一场赌上性命与荣誉的潜入行动。。